Учредителями клуба являются администрация Смоленской области, мэрия Смоленска, ассоциация «Смоленские бриллианты» и СГУП «Кристалл» (крупнейший российский завод по огранке драгоценных камней). В последние годы «Кристалл» пытается выйти из состава учредителей и прекратить спонсировать клуб, так что финансирование футбольного клуба практически полностью легло на бюджет области и областного центра (до этого область и город отдавали на футбол по 30 млн. рублей в год). В июле губернатор Смоленской области Виктор Маслов, он же является президентом футбольного клуба, принял решение о сокращении финансирования из областного бюджета клуба с 30 млн. до 10 млн. рублей. Автоматически ФК «Кристалл» отказали в финансировании и в мэрии Смоленска.

Одновременно в начале августа в Смоленскую областную прокуратуру поступили материалы финансовой проверки ФК «Кристалл», в рамках которой в клубе было обнаружено нецелевое расходование средств на сумму около 3 млн. рублей. Проверку проводили контрольно-ревизионное управлений Смоленской области и счетная палата областной думы, иначе говоря, структуры, подконтрольные обладминистрации.

В областной прокуратуре корреспонденту «Газеты.Ru» рассказали, что материалы первой финансовой проверки ФК «Кристалл» были вторично перепроверены следователями. В итоге прокуратура существенно снизила сумму претензий, которая выдвигалась к прежнему руководству футбольного клуба от лица учредителей. «Вместо нецелевых расходов на 3 млн. рублей, мы намерены расследовать уже хищение средств на сумму 600 тыс. рублей», - пояснил заместитель прокурора области Алексей Марков. В итоге прокуратура возбудила уголовное дело по ст. 201 ч.1 УК по факту хищения денежных средств. Подозреваемых в хищении и фигурантов дела в областной прокуратуре не назвали. «Дело только что возбуждено, поэтому мы сами должны выяснить, кто является фигурантом», - сказал господин Марков.

Между тем, кто является главным подозреваемым в деле «о футбольных хищениях», уже давно не секрет. Дело в том, что губернатор Виктор Маслов, который является президентом ФК «Кристалл» и его заместитель по обладминистрации и президентству в футбольном клубе Александр Воротников заочно обвинили бывшее руководство «Кристалла» в мошенничестве. «Губернатор пострадал от того, что слишком доверял некоторым людям, в частности директору ФК «Кристалл» Николая Ермакову и Сергею Барбашову, которые его обманули», - выступая перед спортивной общественностью в начале августа заявил господин Воротников и еще в августе пообещал уголовную перспективу двум вышеупомянутым руководителям ФК «Кристалл». «Подробностей не скажу, но заявляю ответственно, что против лиц, виновных в нецелевых расходах клуба, компетентными органами будет заведено уголовное дело», - пообещал тогда вице-губернатор Александр Воротников. Сергей Барбашов, занимавший должность заместителя директора ФК по трансфертной работе, заключал контракты с футболистами без ведома учредителей клуба. Суммы в контрактах, как показала финансовая проверка ФК «Кристалл», нередко были завышенными, поэтому чиновники областной администрации подозревают, что в администрации клуба использовали денежный откат с контрактных сумм. В общей сложности на договорных нюансах допущено необоснованное начисление окладов, премий и контрактных выплат в 2001 году на общую сумму 669 924 рубля. Эта сумма является основной в расследовании прокуратуры. Николай Ермаков, экс-директор ФК «Кристалл», видимо, должен будет объяснить несоответствие штатного расписание, по которому деньги начислялись для несуществующих работников. Сейчас оба бывших руководителя футбольного клуба, и господин Ермаков, и господин Барбашов уволены, а «Кристалл» возглавил бывший чиновник областного департамента по физкультуре и спорту Сергей Борисов.
Вместе с прокуратурой расследованием «футбольных хищений» займется следственное управление УВД Смоленской области. Однако, в милиции наотрез отказались комментировать возбуждение уголовного дела против ФК «Кристалл». Не удалось также узнать мнение главных подозреваемых, на домашние звонки ни Барбашов, ни Ермаков не отвечают.